Kerkgebouw
De HH. Cosmas en Damianuskerk te Abcoude, een neogothische kruiskerk, is gebouwd volgens het bouwplan van de Utrechtse architect Alfred Tepe. Zijn eerste bouwplan, met een begroting van Dfl. 95.000 werd door het kerkbestuur verworpen. Na enige versoberingen door de architect werd op 11 januari 1887 de aanbesteding gehouden in café De Wakende Haan. De bouw verliep voorspoedig: nadat op 21 februari 1887 de eerste paal werd geslagen, werd op 17 mei de eerste steen gelegd in de muur achter het toekomstig hoofdaltaar. Minder dan een jaar later, op 5 april 1888, was de bouw voltooid en werd de nieuwe kerk geconsacreerd door Aartsbisschop Snickers.
Hoogaltaar, Maria-altaar, Jozef-altaar
Voor de aankleding van de kerk werd een beroep gedaan op de Utrechtse beeldhouwer Friedrich Wilhelm Mengelberg, die drie altaren plaatste (het hoogaltaar, het Maria-altaar en het Jozef-altaar). Toen het hoogaltaar tijdens een hoogmis in 1893 in gebruik werd genomen, en pastoor Kortenhorst voor de eerste keer het drieluik opende, stonden de parochianen bovenop de kerkbanken om het schoons te kunnen zien.
Het ontstaan van het Maria-altaar heeft een interessante oorzaak. Kapelaan Huurdermaan vertelt rond 1909 het verhaal: ‘Bij de verbouwing van de pastorie had men op zolder een oud Mariabeeld en enige engelenbeeldjes gevonden. Vooral het Mariabeeld werd door kunstkenners als merkwaardig beschouwd. Passend bij dit beeld vervaardigde Mengelberg een altaar, dat in 1892 in de kerk werd geplaatst.
Gaandeweg werd voor wat betreft het Mariabeeld gekozen voor een meer solitaire opstelling in de huidige Mariakapel naast het portaal.
Tijdens de restauratie van 1965 werden de zijaltaren verwijderd. Het Maria-altaar in de linker kapel is in 2001/2002 gerestaureerd en teruggeplaatst. Op dinsdagavond 7 mei 2002 is het gewijd door pastoor Oscar Swijnenberg en tijdens een rozenhoedje in gebruik genomen.
Glas-in-lood ramen achter hoogaltaar
Het bleek noodzakelijk om de ramen in het koor, achter het hoogaltaar, van een donkerder glastint te voorzien, vanwege overstraling. De kerk is namelijk geoost: dat wil zeggen dat het koor op het oosten is gericht. Tijdens vieringen viel er daardoor teveel licht binnen, waardoor het altaarretabel niet goed zichtbaar was, evenals het gebeuren in het liturgische centrum. Glazenier Stef Hagemeier uit Tilburg heeft daarom de huidige ramen gemaakt, die in 2001 zijn geplaatst. De ramen stellen de Syrische martelarentweeling voor, patroonheiligen van de kerk: de HH. Cosmas en Damianus, in een explosie van licht. Dat goddelijke licht is afkomstig van de alomtegenwoordige God. Dat is duidelijk zichtbaar gemaakt in de ramen, waarin op enkele tienduizenden manieren de naam van God is afgebeeld: groot, klein en op allerlei manieren naast en door elkaar heen: Deus, God en Jahweh.
Preekstoel
De notenhouten kansel is afkomstig uit de schuilkerk. Het beschot van de trap is uitgevoerd in eikenhout, de reliëfs aan de kuip in palmhout. Het geheel is toegeschreven aan Willem Hendrik van der Wall (1772).
Schilderij ‘De aanbidding der herders’
Op de plaats van het voormalige Jozef-altaar, in de rechter kapel, bevindt zich het schilderij ‘De aanbidding der herders’. Oorspronkelijk hing het in de schuilkerk, waar het deel uitmaakte van het hoofdaltaar. Het schilderij is gerestaureerd in 1996. In restauratie atelier Boticelli te Nijmegen, heeft de Italiaanse restaurateur Sergio Cecchi 2,5 jaar gewerkt aan de restauratie. Nadat veel latere en niet altijd deskundige toevoegingen waren verwijderd, bleek men het ontstaan van het schilderij 100 jaar vroeger te kunnen dateren. Het schilderij is niet gesigneerd, maar deskundigen menen te mogen concluderen, dat het een originele Hendrick Bloemaert is, geschilderd omstreeks 1670.
Bronzen middenstuk uit communiebank
Dit middenstuk uit de communiebank, nu geplaatst aan de voorzijde van de altaartafel, is in 1929 vervaardigd door Jan Eloy en Leo Brom. Het was een geschenk van de parochie aan pastoor Sloet bij gelegenheid van zijn gouden priesterfeest.
Kruiswegstaties
Links en rechts aan de zijmuren bevinden zich de kruiswegstaties, die zijn geschilderd door de Amsterdamse kunstenaar Jan Dunselman. Een onbekende gever schonk pastoor Sloet in 1929 Dfl. 7.000 te besteden aan een kruisweg.
Na uitvoerig beraad werd opdracht gegeven aan kunstschilder Jan Dunselman.